Des comités de concertation thématiques traitent des questions nécessitant une concertation élargie, telles que l’agriculture, les aires marines protégées, les changements climatiques et la navigation. Ces comités se composent de membres provenant des gouvernements du Canada et du Québec, ainsi que d’autres collaborateurs concernés (société civile et usagers) par la problématique ciblée. 

En plus de favoriser la concertation dans le but de se doter de plans d’action et de stratégies d’intervention spécifiques, les comités de concertation collaborent à l’élaboration ou à la mise œuvre de projets dans le cadre de la Programmation d’actions conjointes et jouent un rôle conseil auprès du comité directeur de l’Entente.